Ekosäätiöllä on hallitus, hallintoneuvosto ja neuvottelukunta nimeltään Ekosenaatti.

Hallitus vastaa kaikista Ekosäätiön käytännön hallintoon liittyvistä kysymyksistä. Ekosäätiön hallituksen puheenjohtaja on YTT HTL Sauli Rouhinen, varapuheenjohtaja DI Jukka Noponen sekä jäseninä FT Simo Kyllönen, KTM YTM Siiri Mäkelä, VTM Aleksi Neuvonen ja DI Antti Rautavaara.

Hallintoneuvosto valvoo ja tukee säätiön toimintaa. Sen puheenjohtajana toimii suurlähettiläs emeritus Mikko Pyhälä ja varapuheenjohtajana kirjailija-taiteilija Anni Ylävaara (Rosa Liksom). Muina jäseninä toimivat lähetystöneuvos Markku Aho, FT Tuuli Hirvilammi, professori Antero Honkasalo, MMT Kaisa Karttunen, dosentti Osmo Kuusi, FT Michael Lettenmeier, dosentti Matti Nummelin, DI tietokirjailija Anja Nystén, professori Olli Salmi, professori Jukka Salo, professori Arto Salonen, DI neuvonantaja Paul Silfverberg ja johtava asiantuntija Ilkka Sipiläinen.

Säätiössä on neuvottelukunta, Ekosenaatti, jonka jäsenet valitsee hallitus hallintoneuvoston ehdotuksesta. Ekosenaatin jäseniä ovat lääkintöneuvos Liisa Elovainio, VM (Ekosäätiön asiamies 1991-2011) Jarmo Heinonen, professori Janne Hukkinen, professori Pekka Kauppi, FT Esko Kuusisto, MMT Tellervo Kylä-Harakka-Ruonala, johtaja Airi Laiho, TkT Eero Paloheimo, professori Rauno Ruuhijärvi, professori Armi Temmes, TT Juhani Veikkola, LKT Harri Vertio ja professori Mauri Åhlberg.