Ekosäätiöllä on hallitus, hallintoneuvosto ja neuvottelukunta nimeltään Ekosenaatti.
Hallitus vastaa kaikista Ekosäätiön käytännön hallintoon liittyvistä kysymyksistä. Ekosäätiön hallituksen puheenjohtaja on YTT Sauli Rouhinen, varapuheenjohtaja Jukka Noponen sekä jäseninä Heli-Maija Nevala (sihteerinä), Simo Kyllönen, Aleksi Neuvonen ja Mikko Pyhälä.
Hallintoneuvosto valvoo ja tukee säätiön toimintaa. Sen puheenjohtajana toimii Kari Karanko ja varapuheenjohtajana Kaisa Karttunen. Muina jäseninä toimivat Markku Aho, Tuuli Hirvilammi, Antero Honkasalo, Osmo Kuusi, Michael Lettenmeier, Satu Lähteenoja, Matti Nummelin, Anja Nystén, Eeva Primmer, Mikko Rask, Olli Salmi, Jukka Salo, Arto Salonen ja Ilkka Sipiläinen, Anni Ylävaara.

Säätiössä on neuvottelukunta, Ekosenaatti, jonka jäsenet valitsee hallitus hallintoneuvoston ehdotuksesta. Ekosenaatin jäseniä ovat Liisa Elovainio, Jarmo Heinonen, Janne Hukkinen, Pekka Kauppi, Esko Kuusisto, Tellervo Kylä-Harakka-Ruonala, Airi Laiho, Eero Paloheimo, Rauno Ruuhijärvi, Armi Temmes, Juhani Veikkola, Harri Vertio ja Mauri Åhlberg.