Ekosäätiöllä on hallitus, hallintoneuvosto ja neuvottelukunta nimeltään Ekosenaatti.

Hallitus vastaa kaikista Ekosäätiön käytännön hallintoon liittyvistä kysymyksistä. Ekosäätiön hallituksen puheenjohtaja on YTT HTL Sauli Rouhinen, varapuheenjohtaja VTM Aleksi Neuvonen, sekä jäseninä VTT Dosentti Osmo Kuusi, FT Lehtori Simo Kyllönen, KTM YTM Siiri Mäkelä, ja DI Antti Rautavaara.

Hallintoneuvosto valvoo ja tukee säätiön toimintaa. Sen puheenjohtajana toimii suurlähettiläs emeritus Mikko Pyhälä ja varapuheenjohtajana kirjailija-taiteilija Anni Ylävaara (Rosa Liksom). Muina jäseninä toimivat lähetystöneuvos Markku Aho, FT Tuuli Hirvilammi, professori Antero Honkasalo, MMT Kaisa Karttunen, FT Michael Lettenmeier, dosentti Matti Nummelin, DI tietokirjailija Anja Nystén, professori Olli Salmi, professori Jukka Salo, professori Arto Salonen, DI neuvonantaja Paul Silfverberg, johtava asiantuntija Ilkka Sipiläinen, VTM Eeva Toivonen, DI Jukka Noponen ja FT professori Eeva Furman. 

Säätiössä on neuvottelukunta, Ekosenaatti, jonka jäsenet valitsee hallitus hallintoneuvoston ehdotuksesta. Ekosenaatin jäseniä ovat lääkintöneuvos Liisa Elovainio, VM (Ekosäätiön asiamies 1991-2011) Jarmo Heinonen, professori Janne Hukkinen, professori Pekka Kauppi, FT Esko Kuusisto, MMT Tellervo Kylä-Harakka-Ruonala, johtaja Airi Laiho, TkT Eero Paloheimo, professori Armi Temmes, TT Juhani Veikkola, LKT Harri Vertio ja professori Mauri Åhlberg.