Ekosäätiöllä on hallitus, hallintoneuvosto ja neuvottelukunta nimeltään Ekosenaatti.

Hallitus vastaa kaikista Ekosäätiön käytännön hallintoon liittyvistä kysymyksistä. Ekosäätiön hallituksen puheenjohtaja on YTT HTL Sauli Rouhinen, varapuheenjohtaja DI Jukka Noponen sekä jäseninä FT Simo Kyllönen, KTM YTM Siiri Mäkelä, VTM Aleksi Neuvonen ja DI Antti Rautavaara.

Hallintoneuvosto valvoo ja tukee säätiön toimintaa. Sen puheenjohtajana toimii Mikko Pyhälä ja varapuheenjohtajana Tuuli Hirvilammi. Muina jäseninä toimivat Markku Aho, Antero Honkasalo, Kaisa Karttunen, Osmo Kuusi, Michael Lettenmeier, Matti Nummelin, Anja Nystén, Olli Salmi, Jukka Salo, Arto Salonen, Paul Silfverberg, Ilkka Sipiläinen ja Anni Ylävaara.

Säätiössä on neuvottelukunta, Ekosenaatti, jonka jäsenet valitsee hallitus hallintoneuvoston ehdotuksesta. Ekosenaatin jäseniä ovat Liisa Elovainio, Jarmo Heinonen, Janne Hukkinen, Kari Karanko, Pekka Kauppi, Esko Kuusisto, Tellervo Kylä-Harakka-Ruonala, Airi Laiho, Eero Paloheimo, Rauno Ruuhijärvi, Armi Temmes, Juhani Veikkola, Harri Vertio ja Mauri Åhlberg.